تشارك فرق أكاديمية الأهلي في بطولات البراعم التي تنظمها منطقة القاهرة لكرة القدم، وشاركت الأكاديمية في الموسم الماضي بفريق واحد لكل من مواليد 2006 و 2007 وبفريقين لكل من مواليد 2008 و2009 و2010، كما شاركت فرق الأكاديمية الموسم الماضي في بطولة نادي الصيد الدولية للبراعم. يتم تنظيم بطولة دوري داخلي لكل فرع من فروع الأكاديمية، ثم تقام مسابقة دوري بين كل الفروع، وتوزع الجوائز على الفرق الفائزة من كل مرحلة سنية في ختام الموسم، وخلال الموسم يتم تقييم مستويات اللاعبين بشكل مستمر. تقام مباريات ودية بين فرق أكاديمية الأهلي وفرق قطاع الناشئين بالنادي ويتم من خلالها انتقاء أفضل العناصر المميزة في الأكاديمية وضمها لقطاع الناشئين.